名偵探柯南

細野早苗小姐從二手家具店買了一個沙發回來，沒想到在整理沙發的時候赫然發現沙發裡竟然塞了一個老太太的屍體，高木警官和柯南一行人便開始追查這張沙發椅的來源，希望能藉此找出真正的兇手，誰知道…

警政廳連續三年的1月6日都接到一封奇怪的傳真，上面只寫了一個大大的阿拉伯數字，三年來分別是３、２、１，從警備部爆裂物處理小組調來的松田警官認為這是爆破狂的一種暗示，而這名歹徒果然在當天安裝了兩枚炸彈在不同的地方，松田警官前往杯戶商場的摩天樓拆除炸彈時，沒想到…

這次歹徒又傳了一封傳真給各大警局，弄得人心惶惶，歹徒極有可能就是三年前與七年前的那個爆破狂，因此柯南等一行小孩請阿笠博士像家裡告假表示要留在阿笠家玩新的電玩遊戲，其實是要幫忙查案，但是根據眾人的推論找到的都是假彈，真彈到底安裝在哪裡呢？

毛利小五郎為一齣推理劇作救火隊的工作，與劇中的女主角巧遇，才知道她原來是毛利的國中同學，但沒想到拍片的過程中，男主角風見卻意外遭人殺害，為了找出真兇，警方搜遍了整棟別墅都無所獲，兇手到底是誰？用的又是什麼凶器呢？

就在柯南發現了兇手的殺人手法，企圖以麻醉針將毛利麻醉的時候，沒想到麻醉針竟然已經用完了，好在毛利靠著自己破解了整宗命案的謎團，揭穿了雨城琉璃的親生父親：南雲曉就是殺人兇手的事實…

三名軟體公司的職員一起來找毛利先生幫忙找一位程式設計師，誰知在毛利帶領三人前往他可能下榻的飯店時，卻意外發現此人：板倉先生已經死在飯店房間的桌上，乍看似是死於心臟病發，經過警方確認之後發現是死於他殺，兇手到底是誰呢？

毛利受到三個來自不同軟體公司的職員委託調查一位程式工程師的下落，沒想到眾人趕到飯店時看到的卻是他的屍體，而他在死前留下的死前訊息中，所透露的兇手的身分，在了解點字的內藤先生與了解圍棋的須貝先生解釋下，終於揭發了真相…

柯南從板倉先生的磁片中得到的資料，果然讓他得知了所有有關他和黑色組織的秘密，但是他在將軟體交給對方之前就死了，柯南便與阿笠博士一同前往板倉的別墅，找尋那份軟體，並且企圖收信，誰知信沒收成，反而讓黑色組織的沃克知道有人在別墅裡一事…

柯南與阿笠博士為了與黑色組織接觸來到板倉的別墅，柯南利用變聲器與沃克相約四小時後在東京賢橋車站的鐵櫃前交付系統磁片，想趁板倉已死的新聞播出之前與他接觸，誰知車子在路上爆胎，巧遇寶石搶匪讓他們搭便車，載著他們前往與沃克相約的地點…

為了隱瞞板倉先生已死的事，進而查出黑色組織這次到底又在進行什麼計劃，柯南在破解了珠寶大盜一案後，獨自跑到賢橋車站將磁片擺入鐵櫃中，本想藉此查出黑色組織的根據地，沒想到卻被吉恩識破他的意圖，還差點被吉恩發現他躲藏的位置…

觀野嬸嬸要送給步美一組女兒節的娃娃，所以大家就跟著步美一起到觀野嬸嬸家去擺設女兒節娃娃，誰知就在他們中間出去買甜酒釀的時候，家裡竟然遭到小偷進入，那幅據說保了2000萬的掛軸也不翼而飛了，小偷到底是誰呢？

經過柯南的分析之後，眾人才知道原來偷走掛軸的根本不是什麼小偷，而是觀野奶奶，他為了保住自家的守護神，不惜用這種方式來欺騙大家，最後還是逃不過柯南的法眼…

柯南與小蘭隨著毛利一同到小天狗山踏青，沒想到會在這裡碰到一起墜崖的意外，但在柯南的仔細觀察後發現，這只是一起看似意外的殺人案件，透過阿笠博士發明的手錶型麻醉劑，柯南再度利用毛利的聲音揪舉出真凶，還死者一個公道…

靜山大師是一位日本畫家，他的徒弟黑木這次特別邀請毛利過來看大師，根據他的說法是大師現在陷入了創作的低潮，常有自殺的念頭，希望毛利能夠讓他轉換一下心情，誰知第二天一早大師就在竹林裡上吊自殺了，但是在柯南的觀察後發現，大師根本不是自殺，而是死於他殺，兇手到底是誰呢？

毛利帶著小蘭和柯南一起去看一場職業摔角賽，沒想到一位要參加中量級錦標賽的選手竟然死在後台的休息室，兇手只有可能是體型和他相近的摔角選手，但是兇手到底是誰？他的動機又事什麼呢？

』經過柯南抽絲剝繭的推理，與反覆求證之後，終於讓真正的殺人兇手現身，原來兇手就是野心十足的牛進選手，當然這又是柯南一次精采的辦案，只不過為了取信於大人，還是得借助毛利小五郎的聲音，才能順利揪出真兇。

小五郎租車帶小蘭和柯南出遊，沒想到車子竟在半山腰的山路上拋錨了，由於求助無門，剛好看到一輛車轉進山路裡，於是來到一家健康器材公司的訓練中心求助，也因此經歷了一樁不可思議的殺人事件…。

雖然大家都認為平松的死，是單純的車禍意外，但是在柯南抽絲剝繭的推理之下，終於從影像中的矛盾與社長說詞中的破綻找出了真相，也因此揪出真正的殺人兇手…。

久阪是月形小說家的弟子之一，卻在隔天被發現陳屍在公園裡面，雖然矛頭都指向是月形的另一名弟子動手殺人，但是他卻有不在場證明。後來柯南從電話答錄機中找到破綻，終於讓兇手俯首忍罪…。

柯南和元太他們約好一起去醫院探望小純，拗不過小純的要求之下，柯南只好同意代替小純躺在病床上，讓小純和元太他們一起打電動，沒想到在小純離開之後，柯南居然遭到綁架，這到底是怎麼一回事呢…

眼看著贖金已付卻還是沒看到小純回來，片岡為此擔心不已，沒想到卻在此時傳來小純已自行回醫院的消息，後來大家才知道原來遭到綁架的是柯南，正當大家擔心時，柯南出現了…。後來在柯南的推理之下，再加上變聲器的幫助，終於揪出了幕後的綁架嫌犯…。

打算從京都到東京來平次和和葉，卻一直讓柯南他們苦等不著，也打電話確認他們一大早就出門搭機，到底為什麼失蹤了呢？在柯南的提議下，毛利小五郎決定去楠川的住處看看，沒想到柯南就在那裡看出端倪，而受困的平次也認定柯南一定會找到他們…

在柯南的反覆推敲之下終於解開暗號的答案，不只如此，甚至還利用暗號的組合和平次互通訊息，既然情況已都在掌控之中，混然不自覺的歹徒，自然也就無所遁形了…。

東京都內最近發生多起縱火事件，平次不但從事件中找到關聯性，也因而接獲調查可能遭縱火的案件，沒想到前往委託人家中後，卻遭到拒絕。是就在他們打道回府的途中，委託人的房子居然遭縱火，屋主也因來不及逃生而葬生火窟，這到底是怎麼一回事呢…

柯南一行人經過一翻抽絲剝繭的推理與求證後，發現原本不可能涉案的兩人，似乎涉有重嫌，再加上所有的錨頭都指向患有精神方面的玄田，更加深了柯南與平次對諸角與曾我的懷疑。然而就在此時，玄田居然向警方供稱，自己就是縱火嫌犯時，柯南與平次也從其中看出了蹊蹺…

經過柯南和平次的詳細推理與小心求證之後，終於查出誰是真正的幕後真兇，再加上到玄田家中搜尋也大有斬獲，接下來就剩下如何讓真正的兇手俯首認罪了…。

柯南、小蘭還有小五郎，在陰錯陽差之下參加了一場生日宴會，沒想到壽星卻在喝下生日酒後沒多久應聲倒下，調查結果是有人在酒中下毒，當證據都指向是被害者的男朋友時，柯南確在整起案件的過程中，發現了蛛絲馬跡…。

柯南他們少年偵探團坐阿笠博士的車去野營。在那裡認識了4個戶外同好會的大學生。晚上他們中間的泰美卻不見了。柯南他們為了尋找泰美而來到放煙花的地方...

本來想以意外結案的目暮警官，在柯南的提醒之下，發現這起意外疑點重重，後來柯南抽絲剝繭的推理與小心求證之下，終於讓幕後真兇俯首認罪，兇手也道出他們之間，外表看似和協，其實卻是不堪一擊的變調友情…。

在園子的邀約下，柯南和毛利父女共四人，一同前往園子在澤井澤的別墅，沒想到到達目的地後卻一直下大雨，使得原訂計劃都泡湯了，再加上毛利租的車被大水沖走，園子的家人也無法前來載他們，只得向山中的人家求救，沒想到也因此遇到一宗殺人事件…。

又是一起看似自殺的事件，但是在柯南的精湛推理之下，總算理出頭緒，就在柯南正想拿出變聲器時，竟發現自己因感冒而發不出聲音，此時只好自力救濟，靠比手劃腳的方式來釐清案情…。

毛利以為自己接到一宗大案子，而變得出手非常闊綽，一千萬的委託金都還沒到手，就已經欠下八百多萬元的債務，再加上案子查不出任何線索，多重壓力下變得自暴自棄，小蘭出於無奈只好打電話向母親求援，沒想到卻在委託人家人遇到新一的母親－有希子，兩人在二十年前未決的因緣決對，再次被搬上檯面…。

英理與有希子的推理能力的確不容小看，然而唯一看透真相的還是只有柯南，有希子在柯南的透露下，終於一舉揪出真兇，然而兩個人的對決，最後還是無疾而終…。

有希子很神秘地帶著柯南與步美他們，外加灰原要出去玩，雖然賣了個關子，卻還是被柯南猜中了…。沒想到後來試映會都還沒看到，反而又目睹了一件殺人事件…。

當警方一直搞不清，為什麼兇手能在黑暗中不出聲的行動時，柯南已從種種跡象中發現蹊蹺，於是打電話向阿笠博士求助，在阿笠博士的鼎力相助之下，後來果然讓真正的殺人兇手原形畢露…。

毛利為了吃拉麵提前在西須三田站下車，沒想到卻因此目睹一起意外的墜落事件，而柯南目睹了整起事件的柯南，已從經過與關係人的表情中發現，這起意外並不單純，進行推理出意外的真相…。

柯南和阿笠博士發現灰原的感冒症狀越來越嚴重，便決定帶灰原去就醫，為了打發預約前的時間前往百貨公司用餐，還因此遇到小蘭、園子和茱蒂…。後來柯南從種種跡象中發現苗頭不對，便趕回停車場，沒想到停車場裡竟然發生了殺人事件…。

柯南一方面擔心灰原，心裡又急著想趕快找到真相，後來終於讓他發現兇手殺人的圈套，以及回收兇器的方法，然而就在他利用園子揭發真相後，卻發現阿笠博士和灰原都不在車上，這到底是怎麼回事…。

柯南和小哀為了查探有關黑色組織的線索、便在阿笠博士的建議下、找到小哀的父親—宮野博士從小一起長大的朋友：出島社長探聽消息、誰知在那裡沒待多久、就碰到出島社長被毒死的意外、兇手到底是誰？小哀的姐姐到底又在廁所裡藏了什麼秘密呢？

在柯南的推論之下、藉由阿笠博士的嘴道出了兇手利用廁所毒害設計事務所社長：出島社長的手法、?也利用辦案的機會、進入廁所找到小哀的姐姐多年前藏在這家公司廁所內的東西…一捲錄音帶…